办公室（交通战备办公室）。负责综合协调机关政务工作；负责起草局重要文件、重要请示报告和情况汇报等综合文稿；负责公文处理、文书档案、机要保密、会务办理、信息报送、工作督查、目标考核、建议提案办理、爱国卫生、公车管理、政府信息和政务公开、机关安全保卫和机关行政管理等工作；负责综合调研工作；负责组织协调全市地方交通战备工作；负责国防动员相关工作。
    规划发展科。负责会同有关部门组织拟订全市综合交通运输发展政策、组织编制综合交通运输规划；负责编制公路、水路等规划，承担有关协调工作；组织拟订交通运输行业发展规划和全市物流运输企业行业发展规划；负责编制市域公共交通和区域综合交通运输等专项规划并组织实施；承担有关规划和建设项目的审核工作；负责交通运输工程招标投标和市场准入的组织管理工作；负责提出全市公路、水路固定资产投资规模和方向、国家和省、郑州市及市财政性资金安排意见；按规定权限审批、核准国家和省、郑州市及市规划内及年度计划规模内固定资产投资项目，负责公路、水运工程建设项目设计审批；承担交通运输行业统计工作，监测分析交通运输运行情况，发布有关信息。
    公路建设管理科。负责全市交通运输基础设施建设项目监督管理工作；拟订交通运输基础设施建设的相关政策、制度和技术标准并监督实施；负责交通运输工程建设的组织管理工作；负责全市交通基础设施管理、质量监督和竣工验收等工作；负责拟订公路管理和养护相关政策、制度和技术标准并监督实施；负责辖区内高速公路及干线公路网运行监测和协调工作；负责公路标志标线管理工作；负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作
    投资监管科。负责财务会计工作；负责专项资金、预决算、政府采购、外资等工作；负责交通系统公路工程项目造价、工程预算及交通运输基础设施建设投融资和资金管理工作；负责交通运输基础设施建设投融资和资金管理工作；负责对国有资产、财政性投资的运行安全进行监管；负责局机关和局属企、事业单位财务监管和审计工作。
    组织宣传科（机关党委）。负责局党组主体责任落实组织协调工作；负责直属单位领导班子建设等工作；负责干部选拔任用和日常监督管理、考核奖励、机构编制、教育培训、劳动工资、人事调配、技术职称、出国（境）管理、驻村帮扶、年鉴史志编纂等工作；负责行业职工思想教育和职业技能培训工作；负责行业精神文明建设、文化建设和统战工作；负责理论学习、意识形态、新闻宣传、新闻发布和公共信息的收集、处理、发布等工作；负责有关交通运输方面的舆情处置工作；负责机关及所属单位的党建、群团、纪检工作。
    行政审批办公室。负责公共服务事项的受理办理；负责拟订行政审批有关制度、办法和工作规则并组织实施；负责市本级交通运输行政审批事项集中受理和审批工作；负责进驻市政务服务办事大厅交通运输窗口的运行管理；负责“放管服”改革和营商环境建设等工作；负责权责清单工作。
    法制信访科（执法监督科）。承担机关规范性文件的合法性审核；负责法律审核、行政复议、行政应诉等相关工作；参与行业公众听证、社会调查等工作；负责扫黄打非工作；负责推进依法行政工作；负责交通运输综合行政执法工作；依法依规实行行政处罚、行政强制、监督检查；负责拟订公路路政相关政策、制度和技术标准并监督实施；负责全市公路路政管理；负责超限超载运输治理工作；负责道路运输管理中的源头治超工作；承担综合交通运输体制改革有关工作；负责重大案件查处和跨区域执法的组织协调工作；负责交通运输信用体系建设；负责信访稳定、社会治安综合治理工作；负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
    运输管理科。负责与有关部门建立综合交通运输体系协调配合机制，承担涉及综合交通运输体系的相关协调工作；承担全市道路、水路运输管理工作，拟订相关政策、制度和标准并监督实施；负责全市船舶检验工作；负责全市有关道路、水路运输安全生产监督管理工作；会同有关部门做好全市交通运输枢纽管理工作，负责全市公路枢纽管理工作；负责协调对接铁路、航空、邮政等领域涉及市有关事项；负责组织协调全市春运工作；负责公众出行路况信息服务和咨询工作；负责车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训管理工作；参与拟订全市物流业发展有关政策和标准，按规定负责道路物流市场有关管理工作；组织拟订公共交通建设发展政策、制度和服务标准并监督实施；负责法律、法规、规章规定的城市公共汽电车客运特许经营管理工作；负责重大活动的公交运力保障有关工作；负责公共汽车、出租汽车、汽车租赁等管理工作；承担轨道交通运营管理工作；参与拟订全市轨道交通规划；参与郑州市“全域公交”发展工作；负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
    安全信息科。组织拟订全市公路、水路安全政策和应急预案并监督实施；负责有关安全生产和应急管理机制建设；负责道路、水路运输企业安全生产监管工作；负责组织推进行业安全隐患排查治理；负责行业安全宣传教育培训工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作；负责组织相关抢险救援工作，组织协调国家和省、郑州市及市重点物资运输、紧急客货运输；负责防灾减灾、行业反恐、消防安全和重大突发事件处置的组织、协调和指导工作；负责安全信息统计、分析、报送工作。拟订交通运输行业科技、信息化政策并监督实施；负责电子政务技术支持工作；负责行业网络安全工作；承担行业有关标准、质量和计量工作；负责城市客运及物流等领域新能源汽车的推广应用工作；负责行业节能减排、环境保护等工作。